Гинтама: История Мицубы

События разворачиваются в будущем. Япония когда-то была страной самураев, но все изменилось с прибытием инопланетян аманто. Они захватили страну и запретили ношение самурайских мечей. Однако внутри страны растет движение сопротивления. Сакато Гинтоки, известный как «Белый демон», обладает множеством навыков и без страха готов сразиться с инопланетными захватчиками.
Организация Ёродзуя, целью которой является борьба с аманто, берет Гинтоки в свои ряды, и он становится её лидером. В фильме также представлен Окита Сого, командир-садист из полиции Эдо Синсенгуми. После гибели родителей его старшая сестра Мицуба стала для него защитником и покровителем. Теперь она приехала в город, где живет её брат.
Мицуба посещает квартал Синсенгуми, чтобы объявить о своей помолвке с торговцем Курабой Томой, миллионером. Сестра и брат проводят время вместе, и Окита беспокоится о её здоровье в городе, в то время как Мицуба тревожится о том, что у её брата нет друзей. Чтобы успокоить её, он представляет Сакато Гинтоки, который случайно оказался поблизости, как своего лучшего друга. 
Между тем, в Эдо появляются сообщения о странных лодках. Хидзиката Тоширо, тайно влюбленный в Мицубу, расследует этот случай и выясняет, что инцидент связан с её женихом, которого подозревают в причастности к организации врагов Ёродзуя.